Что в первую очередь ремонтировать?

Ну я вот весь свежекупленный мотоцикл раскидал, теперь собираю обратно, заменяя все сальники, прокладки, кое-какой крепеж, и перекрашивая по ходу экипажную часть. А вообще да, именно резинки наверно следует менять, все до которых дотянешься. А все остальное - железное. Т.е. если до сих пор не сломалось, нигде не стучит и не хрустит - значит все в норме. Ну и конечно проверить всякие там клопона, качество смеси, и вообще все, что требует регулировки согласно мануала и могло разрегулироваться. А, вот еще - подвеска имхо весьма уязвимая часть, т.е. ее однозначно необходимо проверить и обслужить если требуется.

Хотя я сам очень начинающий пока и не особо шарю))

А коробку вообще долго снимать/разбирать? Просто 3-ю скорость выбивает еще.

на днепре только разбирать коробку

Либо поменять масло и ездить пока ездится и что-нибудь не сломается, или же разбирать и делать все с нуля. Но не в коем случаем случае не начинай делать частями, потеряешь еще больше времени. Котов или подобная литература в помошь. И, не забудь смазать салом)) p.s у самого днепр.

1 и самое важное: поменять масла, фильтры, свечи.
2 отрегулировать зазоры в клапанах, настроить карбюраторы, выставить зажигание.
3 поездить на нем и выявить неисправности, далее эти неисправности устранить.

SLEHS всё верно гутарит - самый логичный метод выявления неисправностей,если перед этим было правда "должное обслуживание" ,а сам не особо шариш.
1.Коробку только разбирать.
2.Сальники через 100-200 км побегут-90%